Ulkomuotoa luonnollisesti säädettiin modernimmaksi ja samalla sirommaksi. Ulkomitat kasvoivat maltillisesti: pituutta tuli lisää 6,5 cm ja leveyttä 1,5 cm. Mazda oli edelläkävijä painon kurissapitämisessä ja kuutosten painot pysyivät suurlujuusteräksen avulla alle 1400 kilon.
Auton perusrakenne eli ns. pohjalevy oli edelleen kehitetty versio aikaisemmasta ja sukua Mondeolle. Pyöräntuentaratkaisut olivat kokeneet pieniä muutoksia, mutta edelleen takana oli monivarsituenta. Ohjaustehostus oli muuttunut sähköiseksi, mikä teki ohjauksen keskialueen aikaisempaa tunnottomammaksi.
Moottorivalikoimassa uutta oli 2,3-litraisen bensakoneen kasvaminen 2,5-litraiseksi. Myynnillisesti sitä merkittävämpiä olivat 1,8- ja 2,0-litraiset bensakoneet ja 2,0-litrainen diesel (103 kW/140 hv). Diesel oli edelleen Mazdan oma eikä Fordin tuotantoa ja siinä oli uutuutena hiukkassuodatin. Vaihteita oli kuusi lukuun ottamatta 1,8-litraista sekä automaattivaihteistoa, jonka sai vain 2,0-litraiseen bensamalliin. Kulutuslukemien luvattiin pienentyneen kymmenisen prosenttia edeltäjästä. Tässä auttoi ilmanvastuksen pieneneminen (sedanissa 0,27).
Sisustuksen laatutasoa oli parannettu, mutta edelleen kovaa muovia oli reilusti esillä. Sisätilat olivat kasvaneet hieman etenkin takaistuimen polvitilan osalta. Kritisoitua melua oli saatu muuttumaan hieman miellyttävämmän sävyiseksi, mutta etenkin takana rengasmelua oli runsaasti.
Perusmalli Classicin varusteluun sisältyi mm. 6 turvatyynyä, alumiinivanteet, manuaali-ilmastointi, sähkölasit edessä ja takana (keväästä 2009 vain edessä), radio/CD, sumuvalot sekä lämmitettävät ulkopeilit. Suosituimmassa Elegancessa oli lisäksi mm. 17" pyörät, sumuvalot, vakionopeussäädin, nahkaratti ratissa olevin säätimin, automaatti-ilmastointi, sadetunnistin ja ajotietokone. 2,5-litraisessa Sportissa oli 18" pyörät, xenon-valot ja kaarrevalot, osittainen nahkaverhoilu, helmalevikkeet ja takaspoileri.
Keväällä 2009 moottorivalikoimaa täydensi täysin uusi 2,2-litrainen diesel teholtaan 163 hv. Saman vuoden syksyllä esiteltiin myös 125- ja 185-hevosvoimaiset versiot ja 2,0-litrainen diesel poistui myynnistä. Kolme teholuokkaa tunnettiin merkinnöillä LP, MP ja HP. Automaattivaihteistoa ei edelleenkään saanut dieselmoottorin yhteydessä. Samaan aikaan kampanjoitiin Edition-varustelua, mikä ei tarkoita mitään muuta kuin kaupan päälle annettuja talvipyöriä.
Huhtikuussa 2010 tulivat facelift-mallit Suomeen. Uudistuksissa keskityttiin asiakkaiden kritisoimien puutteiden korjaamiseen. Ohjaustuntumaa oli parannettu ja kojetaulun monitoiminäyttöä selkeytetty. Parannusta luvattiin myös melutasoon ja sisustuksen laatuvaikutelmaan, mutta näiltä osin kehitys oli vähäistä. Myös uutta näköä oli etenkin keulassa.
Vuoden 2010 lopussa 90 Years Edition -paketissa oli mm. sumuvalot, sadetunnistin, himmenevä sisäpeili, säädettävä keskikyynärnoja ja säädettävä keskikyynärnoja.
Syksyllä 2012 tarjottu Limited Edition -paketti tarkoitti käytännössä Exclusive-varustetasoa Touringin hinnalla. Tässä vaiheessa mallistosta olivat poistuneet mm. 1,8-litraiset sekä pienitehoisimmat dieselit.
2,0-litrainen bensamoottori oli nyt varustettu suorasuihkutuksella, mallimerkinnältään DISI. Teho nousi 155 hevosvoimaan. Perusvarustelu oli nyt Comfort. Siinä oli teräsvanteet, sähkölasit edessä/takana, radio/CD ja manuaali-ilmastointi. Dynamicissa oli 16” mm. kevytmetallivanteet, automaatti-ilmastointi ja ajotietokone. Touringissa oli lisäksi mm. 17” pyörät, sumuvalot ja CD-vaihtaja. Exclusive vastasi suunnilleen aikaisempaa Sportia eli siinä oli mm. 18” pyörät, Bi-Xenon-valot, osanahkaverhoilu, Bose-audio, bluetooth, avaimeton käynnistys, varashälytin ja pysäköintitutkat edessä ja takana.
Toisen sukupolven Mazda 6 oli kehittynyt edeltäjiinsä verrattuna, mutta kilpailijat ajoivat nopeasti ohi ja aikaisemmin suositun mallin myynti hiipui. Kuutosen sisätilat olivat luokan keskitasoa. 5-ovisessa korimallissa pääntila on jo alle 180-senttiselle niukka. Tavaratila on kaikissa korimalleissa suuri. Sedanissa luukku on kovin pieni.
Kierrosherkkien bensamoottorien suorituskyky on teholukemia vastaavalla tasolla ja myös 1,8-litraisen suorituskyky on riittävä, vaikka 1,8- ja 2,0-litraiset ovat tyhjäkäynnin tuntumassa voimattomia. 2,0-litrainen diesel ei ole kaikkein moderneimpia konstruktioita, mutta toimii miellyttävästi ja on kohtalaisen taloudellinen. Uudempi 2,2-litrainen diesel on äänekkäämpi, mutta niin suorituskyky kuin kulutuskin ovat mallikkaat. 2,0-litraisessa dieselissä on jakohihna (vaihtoväli 120 000 km), muissa ketju.
Jousitus on perheautoksi poikkeuksellisen kova ja esim. poikittaissaumat lyövät voimakkaasti läpi. Suuntavakavuus on puutteellinen. Mazdan kulkua häiritsevät ennen kaikkea urat ja sivutuuli. Mutkatiellä ajettavuus on parhaimmillaan. Kaukovaloja on moitittu heikkotehoisiksi.
Mazda 6 on vähävikainen auto ja edellisen mallin surkeaa ruostesuojausta oli toiseen sukupolveen parannettu, mutta selvästi keskimääräistä huonompi ruostesuojaus oli edelleen. Maalin läpi kupruavaa ruostetta on esiintynyt joissakin yksilöissä. Keskuslukituksen kaukosäädön vastaanottoyksikköjä on hajonnut paljon. Etupyörien laakereita on jouduttu vaihtamaan. Kuljettajan istuimen kiinnitykset väljiintyvät paljon ajetuissa autoissa. Varaosa- ja huoltohinnat ovat keskimääräistä kalliimmat.
Toisen sukupolven kuutosen myynti Suomessa käynnistyi mukavasti ja vuonna 2008 se sijoittui myyntitilastossa sijalle 11. Tästä kuitenkin pudottiin vuosi vuodelta niin, että vuonna 2012 malli ei enää mahtunut 30 suosituimman listalle. Dieselien osuus myynnistä oli markkinoiden keskiarvoa pienempi. Kolmannen sukupolven Mazda 6:n ensiesittely Suomessa ajoittuu helmikuuhun 2013.
