Takaovi avautui nyt kokonaisena, ikkunoineen oikealle. Hieman lisää tilaa sai siirtämällä pituussuunnassa säätyvää takaistuinta edemmäksi. Myös takaselkänojien kaltevuutta pystyi säätämään. Jousitusmukavuus oli parantunut ensimmäiseen malliin verrattuna, mutta ajettavuudessa ei ollut tapahtunut kehitystä. Mukavuutta paransi alentunut melutaso, mutta erityisiä kehuja melusta ei voi antaa.
Uusi moottori oli edelleen 2,0-littainen. Teho oli kasvanut 150 hevosvoimaan. Moottorissa oli nyt tasapainoakseli, muuttuva imuventtiilien ajoitus ja säätyvä imusarjan pituus. Ykkösvaihteen ja peruutusvaihteen välitys oli entistä lyhyempi. Käsijarru oli sijoitettu kojelautaan. Turvavarustusta oli parannettu: siihen sisältyi mm. sivuturvatyynyt, jarruassistentti, etuturvavöiden voimanrajoitin ja 3-pistevyöt kaikilla paikoilla.
Sisustus oli selvästi entistä modernimpi, mutta ei kovin korkeatasoinen. Ainoa sisustusväri oli musta. Varustevaihtoehdot olivat edelleen LS ja ES. LS-malliin sisältyi mm. manuaali-ilmastointi, CD-radio, kauko-ohjattu keskuslukitus ja sähkölasit myös takana. ES-mallissa oli lisäksi ilmastointiautomatiikka, kevytmetallivanteet, korin väriset puskurit, peilit ja ovenkahvat, tavaratilan peitto sekä kova varapyörän kotelo. Nahkaverhoiltua ES-mallia kutsuttiin ESX:ksi.
Vuoden 2004 lopussa tehtiin pieni facelift, jonka merkittävin muutos oli ESP:n tuleminen vakiovarusteeksi. Ulkoisesti suurimmat muutokset oli tehty keulan ilmeeseen, jossa uutta olivat maski, puskuri ja valot. Takapäässä oli muutettu valoja ja varapyörän koteloa. Lokasuojat olivat hieman entistä leveämmät.
Jarrulevyt olivat entistä suuremmat. Nelivedon sanottiin kytkeytyvän entistä nopeammin. Pyörät olivat kasvaneet 16-tuumaisiksi.
ES-malli sai sumuvalot ja vakionopeussäätimen. ES:n helmat olivat mustat. ESX- ja uudessa EXE-mallissa ne olivat korinväriset. EXE:ssä oli vakiona mm. kattoluukku ja navigaattori.
Sisustuksessa oli muutettu materiaaleja laadukkaammiksi. Jo vuoden 2004 alussa oli lisätty kromia mm. ovenkahvoihin ja mittaristo oli saanut uuden ilmeen.
2,2-litraisella erittäin kilpailukykyisellä dieselillä varustettu CR-V esiteltiin syksyllä 2004, mutta Suomeen sitä saatiin odotella vielä vuoden verran. Tehoa dieselissä oli 140 hv. Vaihteisto oli dieselissä 6-vaihteinen eikä automaattivaihteistoa saanut dieselin yhteydessä.
Ensimmäisistä tämän kokoluokan katumaastureista CR-V oli henkilöautomaisin yhdessä RAV-4:n kanssa. Maastoon sitä ei ollut tarkoitettu, mutta kaupungissa ja maantiellä se oli kotonaan. Jousitus oli kohtuullisen mukava, joskin hieman pintakova ja pompottava. Kääntöympyrä oli tavallisten perheautojen suuruusluokkaa. Melutaso oli korkeahko niin renkaiden kuin moottorinkin osalta.
Toisen sukupolven CR-V oli tehty tunnetusti toimivalla periaatteella: erinomaisesti menestynyttä mallia muutettiin varovaisesti vain niiltä osin mitä asiakkaat olivat halunneet. Tavaratilaa oli tuntuvasti enemmän ja myös sisätilat olivat kasvaneet etenkin leveyssuunnassa. Varustelua ja sisustuksen tasoa oli nostettu ajan vaatimusten mukaisesti ja äänieristystä parannettu. Ensimmäiset CR-V:t tulivat Japanista. Kesällä 2000 alkoi tuotanto Englannissa ja toisen sukupolven autot toimitettiin myös USA:han Englannista. Ensimmäinen sukupolvi ei osallistunut Euro NCAP-testiin, mutta toisen sukupolven törmäysturvallisuus arvioitiin ajanmukaisesti 4 tähden arvoiseksi.
Molemmat CR-V -sukupolvet ovat osoittautuneet luotettaviksi autoiksi. Takavoimansiirron parkaisu vedon kytkeytyessä taakse kuuluu asiaan, mutta tilannetta voi parantaa vaihtamalla öljytyyppiä meikäläisiin olosuhteisiin sopivammaksi ellei sitä ole jo tehty. Korkeasta latausjännitteestä johtuen polttimoiden kestoaika jää lyhyeksi. Kori on olennaisilta osiltaan sinkitty eikä ruoste ole yleensä ongelma. Toisessa sukupolvessa on levyjarrut takana ja niiden ominaisuuksiin tunnetusti kuuluu levyjen ruostuminen. Moottori on varustettu jakoketjulla, joten hammashihnan vaihtoa ei huolto-ohjelmassa ole.
Suomessa CR-V oli selkeästi ostetuin keskiluokan katumaasturi. Euroopassa se sen sijaan jäi vain noin puoleen Toyota RAV-4:n lukemista ja viimeisinä vuosinaan myös mm. Hyundai Tucson ajoi sen ohi. Dieselmoottoria saatiin varsinkin Suomeen odottaa pitkään ja senkin jälkeen myyntiä rajoittivat ennätyspitkät jonotuslistat. Kolmannen sukupolven CR-V tuli Suomeen joulukuussa 2006.
