Moottori oli edelleen pitkittäin pitkän konepellin alla, mikä mahdollisti Torsen-keskitasauspyörästöllä toteutetun nelivedon. Takapyörien tuennassa yhdystukiakselisto oli vaihdettu monivarsirakenteeseen.
Ensimmäiset moottorivaihtoehdot olivat suorasuihkutteinen 3.2 V6 FSI, 4.2 V8 ja 3.0 V6 TDI. Isot bensakoneet jäivät jo tämän mallisarjan aikana varsin harvinaisiksi. 3,2-litrainen oli ajanmukainen ja aikaisemmasta vaikeasti vaihdettavasta jakohihnasta poiketen varustettu jakoketjulla. Tässä moottorissa on kuitenkin murheita mm. öljynkulutuksesta johtuvan imuventtiilien karstoittumisen takia. 4,2-litrainen perustui edellisenä vuonna S4:ssä esiteltyyn moottoriin.
3,0-litrainen V6 TDI oli uusi Common rail -moottori. Sen teho (225 hv) ja vääntö 450 Nm/1400-3250 r/min olivat samaan luokkaa tuonhetkisen BMW 530d:n kanssa. Käyntiääni oli kuitenkin BMW:tä dieselmäisempi.
Syksyllä 2004 tulivat tuotantoon 2.4 V6 sekä 2.0 TDI. Pienempi V6 oli myös päässyt eroon hankalasta jakohihnasta ja teknisesti siinä oli paljon uutta, mutta ominaisuuksiltaan se ei ollut juuri kehittynyt edeltäjistään. Kulutus oli suorituskykyyn nähden korkeahko. 2,0-litrainen pumppusuutin-TDI oli 140-hevosvoimainen versio, jonka suorituskykyä voi luonnehtia riittäväksi. A6:een luonnollisimmin sopivaa 170-hevosvoimaista versiota ei ollut saatavilla ennen faceliftiä. Etuvetoisissa versioissa oli portaaton Multitronic-automaatti ja nelivetoisissa 6-vaihteinen tiptronic.
Suomessa käytännössä kaikkiin autoihin tilattuun Comfort-pakettiin sisältyi mm. vakionopeussäädin, kahdessa osassa taittuva takaselkänoja, keskikyynärnoja ja valonpesimet. Muissa maissa oli tästä poikkeavia varusteita. Esim. Saksalaiseen Business-pakettiin sisältyi vakionopeussäädin, keskikyynärnoja, peruutustutka, ksenonvalot ja Saksassa muuten puuttuneet istuinlämmittimet.
Suomen Comfort-versiossa oli myös A8:ssa jo aikaisemmin esitelty MMI-valikkojärjestelmä. Se on sinänsä selkeä, mutta perusversion punaiset tekstit näyttävät tänä päivänä hieman vanhentuneilta. Käsijarru oli sähköinen. Uusia lisävarusteita olivat mm. ilmajousitus ja aktiivinen vakionopeussäädin.
Keväällä 2005 esiteltiin uusi Avant-versio. Sen ulkomitat olivat suunnilleen samat kuin sedanissa. Tavaratilaa oli 545/1660 litraa, mikä jää selvästi jälkeen MB E:stä. Comfort-varusteluun sisältyi kiskoihin kiinnittyvä tavaroiden kiinnityssarja. Samaan aikaan mallistoon tuli uusi 6-sylinterinen 2,7-litrainen diesel, jossa oli tehoa 180 hv. Se oli Suomessa tarjolla vain etuvetoversiona.
Keväällä 2006 malliston halvimmaksi versioksi tuli 2.0 TFSI. Sen teho oli pudotettu 2,4-litraisen alapuolelle 170 hevosvoimaan. Suomessa se oli aina Business-versio, jossa oli käytännössä samat varusteet kuin Comfort-paketissa. Myynnissä se käytännössä syrjäytti saman suorituskyvyn tarjoavan kalliimman 2,4-litraisen, jonka eduksi jäi hienostuneempi käyntiääni. Toinen vuoden 2006 uutuus oli 2.8 FSI, jossa oli tehoa 210 hv.
Jo edeltävässä mallisarjassa suosituksi noussutta Allroad-versiota saatiin odottaa kesään 2006 asti. Allroad-koristelut sai joko mustana tai korinvärisenä. Vakiona oli korkeussäädettävä ilmajousitus. Moottorivalikoima sisälsi 6-sylinteriset versiot. Vuonna 2006 tuli myös V10-moottorilla varustettu S6 (435 hv) ja vuotta myöhemmin ahdettu RS6 (580 hv),
A6 on parhaimmillaan pitkillä maantietaipaleilla, mutta kokoisekseen varsin hyvä myös kaupungissa. Ajo-ominaisuudet eivät ole täydelliset, mutta esim. TM:n vertailussa jo etuvetoversio sai BMW:tä ja MB:tä korkeammat pisteet ajettavuudesta. Ohjauksen keskitys on hieman vajavaista etenkin kaupunkinopeuksissa. Jousitus on jämäkkä, mutta ottaa suuretkin epätasaisuudet vastaan hillitysti. Rengasmelua on parhaita kilpailijoita enemmän.
Sisätilat ovat väljät. Takaistuimen mukavuus ei mataluuden takia ole paras mahdollinen. Sedanin tavaratila on litratilavuudeltaan eräs markkinoiden suurimmista. Näkyvyys ei varsinkaan lyhyitä kuljettajia ajatellen ole kovin hyvä ja parkkitutkat ovat tarpeen.
A6 on poikkeuksellisen vähävikainen auto. Esim. Dekran katsastustilastossa se oli kaikkein paras. Multitronic-vaihteistoissa on ongelmia lähinnä vääntävän 2,7-litraisen dieselin yhteydessä. Takaluukun alareunasta on joissakin yksilöissä löytynyt ruostetta. Vakaajatankoihin tulee välystä paljon ajetuissa autoissa. 2,0-litraisessa TDI:ssä on muista konsernin tuotteista tutut ongelmansa: kaksimassavauhtipyörä, sylinterikansi ja ruiskutuspumppu.
Monen muun premium-auton tapaan C6-sukupolven hinnat romahtivat uuden mallin esittelyn jälkeen ja nyt A6:n voi nähdä jopa vaihtoehtona A4:lle tai Passatille. A4:ään verrattuna A6 on selvästi eriluonteinen auto. Se on huomattavasti tilavampi myös etuistuimelta. Ajokäytös on vakaampaa ja toisaalta jähmeämpää urheilullisemmin viritettyyn A4:ään verrattuna.
